Tra gli anni 1990 e 2000 si assistette a una nuova escalation per quanto concerne lo sviluppo delle sponsorizzazioni pubblicitarie nel calcio italiano. Nell’annata successiva, l’allenatore è Pasquale Marino, il quale riesce a portare lo Spezia al sesto posto finale; ai play-off, gli aquilotti vengono sconfitti in casa al primo turno per 2-1 dal Cittadella. I gialloblù lottano fino al termine del campionato per il quarto posto, che vale un’incredibile qualificazione ai preliminari di Champions League, ma la squadra conclude la sua prima stagione in serie A in quinta posizione, ad un solo punto dal Milan quarto classificato, conquistando l’accesso alla Coppa Uefa dell’anno successivo. Prima dell’ultima giornata di campionato la squadra si trova quinta in classifica in lotta con Udinese e Parma per la qualificazione in Coppa UEFA, ma l’ultima partita stagionale a Torino con la Juventus riserva una beffa per la formazione clivense: i bianconeri, nonostante il titolo già vinto, vincono per 4-3 in una gara combattuta, costringendo il Chievo a chiudere il campionato al settimo posto, e perdendo la possibilità di partecipare alla Coppa UEFA della stagione successiva per un solo punto.
Dopo nove giornate di campionato il Chievo totalizza solo 6 punti e si trova in penultima posizione in classifica: una vittoria al Bentegodi con la Reggina, tre pareggi con Sampdoria, Torino e Atalanta, e sei sconfitte. La salvezza viene raggiunta con due giornate d’anticipo tramite il pareggio a Torino con la Juventus per 2-2, e il campionato viene chiuso infine in 11ª posizione a 46 punti. La salvezza matematica viene ottenuta con 11 giornate d’anticipo, il che spinge la squadra a tentare l’assalto ad un posto UEFA, che viene centrato alla penultima giornata tramite il pareggio sul campo del Lecce. Molti scontri diretti finiscono a sfavore del Chievo come col Lecce al Via del Mare per 3-0, col Bologna al Dall’Ara per 4-0, mentre nelle partite interne le sconfitte arrivano con l’Albinoleffe per 0-1 e con il Mantova per 2-3. Tuttavia la squadra riesce ad imporsi per 2-0 al Rigamonti con il Brescia, altra concorrente diretta per la promozione in serie A. Alla fine del girone d’andata il Chievo chiude al primo posto in classifica, a 43 punti, in coabitazione col Bologna. Il campionato inizia in modo negativo: nelle prime sei giornate la squadra raccoglie cinque sconfitte ed un solo pareggio per 1-1 con l’Empoli.
All’indomani del pareggio con il Lumezzane, viene sollevato dall’incarico Vincenzo Torrente a sole tre giornate dalla fine, con il ritorno sulla panchina dei biancoscudati di Massimo Oddo. Alla seconda giornata di campionato il Chievo si impone sul campo del Napoli per 1 a 0, ma dopo sette giornate colme di risultati negativi Corini viene sollevato dall’incarico ed è chiamato al suo posto lo storico capitano di Serie C Rolando Maran, che dà una scossa notevole alla squadra conducendola ad una salvezza tranquilla con largo anticipo ottenendo diversi risultati di grande spessore come la vittoria per 1-0 nel derby contro il Verona. La stagione 2013-14 inizia con Sannino in panchina, ma dopo un avvio difficile con soli 6 punti raccolti in 12 partite, l’allenatore viene esonerato dopo la dodicesima giornata del girone di andata in favore ancora una volta di Eugenio Corini, juve maglie il quale all’esordio vince il derby contro il Verona grazie ad una rete allo scadere di Dejan Lazarević.
Per la stagione 2012-13 in panchina viene riconfermato Di Carlo, ma dopo 5 sconfitte consecutive ottenute dalla seconda alla sesta giornata, il 2 ottobre l’allenatore viene esonerato e sostituito con l’ex centrocampista gialloblù Eugenio Corini, che conduce i clivensi alla salvezza con il 12º posto finale ed alcuni risultati importanti, tra cui la prima vittoria caslinga contro la Roma, grazie alla rete di Sergio Pellissier, due vittorie all’Olimpico di Roma contro la Lazio e la stessa Roma (partita che vale la matematica salvezza) e una vittoria per 2-0 in casa contro il Napoli. Nell’ultima giornata, infine, il Chievo pareggia per 2-2 con il Bari assicurandosi il primo posto in classifica con un punto di vantaggio sul Bologna. Dopo un leggero miglioramento, che consente alla squadra di ottenere, dopo la ventitreesima giornata, il dodicesimo posto con sette punti di vantaggio sulla zona retrocessione, il Chievo compie una striscia di cinque sconfitte consecutive, che lo fanno nuovamente precipitare in classifica, a ridosso della zona retrocessione. In campionato, il Chievo, dopo la vittoria all’Olimpico con la Lazio, prosegue a risultati alterni, posizionandosi nella parte medio bassa della classifica, fino al 27 ottobre 2002, quando sconfigge al «Bentegodi» il più quotato Milan capolista per 3 reti a 2. Segue una striscia di tre vittorie consecutive, che consente alla squadra di risalire fino alla quarta posizione in classifica.