El final de la década de los ochenta transcurre con campañas cercanas al ascenso a Segunda División, como el subcampeonato de la sesión 87/88, pero no es hasta los recién estrenados noventa cuando empieza a mostrar sus aspiraciones reales. Con este ascenso se inicia la primera época de esplendor del club pacense, pues participó durante siete temporadas consecutivas en la categoría de plata. Badajoz inicia la segunda época de esplendor en su historia que se ve respaldada con once campañas consecutivas en la división de plata. Volviendo a la categoría profesional con Paco Herrera a los mandos del equipo en la temporada 92/93, destacan en este periodo las temporadas 95/96, siendo entrenador el británico Colin Adisson en la que se alcanza un meritorio sexto puesto y casi se roza con la punta de los dedos la Primera División al empatar a 62 puntos con el C.F. Lastimosamente, el equipo capitalino, perdería el partido de ida de la final de la Copa Colombia ante el Tolima 2 a 0, que a pesar de ganar el partido de vuelta, no alcanzaría y tendría que conformarse con un subcampeonato de copa.
El rival fue el gaditano Jerez C.D., con quien empató 0-0 en la ida y fue derrotado por 4-0 en El Vivero. Además organizaba el famoso Trofeo Ibérico desde el año 1967, que se jugaba en el antiguo campo de Estadio El Vivero (1909-2009), reuniendo durante años a los mejores equipos de Europa y América, y del cual resultó campeón en dos ocasiones. Inicialmente su actividad se limitaba a participar en enfrentamientos amistosos con equipos de la zona, sobre todo con equipos militares como los de Cáceres, Mérida o Plasencia, y portugueses de Elvas, Portalegre, futbol camisetas Évora y Lisboa. Se destaca la goleada en el partido inicial al Real Cartagena 3-0 en el Estadio Alfonso López y el triunfo sobre el América de Cali de visitante por 1-0. La fiesta del regreso a primera fue la noche del 26 de noviembre en el Estadio Alfonso López con la asistencia de 12000 aficionados que en medio de juegos pirotécnicos y bajo la luz de una hermosa luna vieron como el Atlético derrotó a Universitario de Popayán 1-0 con gol de Víctor Zapata. Badajoz empezaron el 15 de agosto de 1905 con la fundación del Sporting Club del Liceo que lo formaban en sus inicios jóvenes aficionados al fútbol del Liceo Artístico y Literario de la ciudad, Sociedad cultural fundada en la temprana fecha de 1843 por miembros de la Real Sociedad Económica de Amigos del País de Badajoz, deporte que se venía practicando con asiduidad, al menos, desde 1899, por otra histórica Sociedad, el Gran Gimnasio de Badajoz.
Unos pocos aficionados se reunieron a las 20:00 en los aledaños del Estadio Nuevo Vivero con la esperanza de que el Badajoz se salvara, pero no fue así. Estos tops están hechos de materiales similares a las camisetas de partido, pero priorizan la comodidad por encima de todo. La camisetas Liverpool replicas tailandia Segunda presenta cuello redondo y hace uso del mismo gráfico frontal de la camiseta local que se inspira en la Main Stand del estadio Anfield. En 1939 recuperó el antiguo e histórico nombre de Sport Club Badajoz y los simbólicos colores blanquinegros y el 21 de enero de 1941 adoptó el nombre de Club Deportivo Badajoz -traducción literal del anterior-, en cumplimiento de la nueva Ley que prohibía el uso de extranjerismos. Es preciso destacar la figura de Don Miguel Ávila, presidente a la vez que entrenador del club durante los primeros años. El cierre a este glorioso ciclo viene con la temporada 02/03 en la que se es último con veinticuatro derrotas y con un club endeudado ante los grandes dispendios realizados en los años anteriores para conservar la categoría de plata. El club se convirtió en miembro de la liga cuando Francisco Fernández Marquesta (Conde de la Torre del Fresno), uno de los grandes mecenas del Club, legó al equipo su primer campo, el Vivero, en 1931, terreno que ya utilizaba en «usufructo» desde 1917 -año en el que se construyeron unos sencillos pero interesantes vestuarios de estilo Neogótico, derribados recientemente-.
Será en la siguiente temporada 91/92 cuando consiga ascender a Segunda División A, al ser segundo en su grupo, dirigidos por Rogelio Palomo en su sexta campaña consecutiva al frente del equipo, y superar en la Promoción a: Cartagena FC (equipo al que derrotó en la última jornada por 5-1 culminándose así el ascenso), Deportivo Alavés y Real Sporting de Gijón “B”. Con un equipo totalmente nuevo y siendo presidente Francisco Reina fueron Campeones del Grupo IV y consiguieron el ascenso directo a Segunda División. Aunque llegó con opciones al último partido del Grupo B integrado por Pontevedra CF, Lorca y Mirandés, replicas camisetas futbol finalmente no consiguió el ascenso de categoría. Desde aquí hasta el final de la década, aunque se confeccionaron buenas plantillas, el club no volvió a entrar en una Promoción de Ascenso y se mantuvo plácidamente en Tercera Divisisón. Ricardo Pegnotti llevó nuevamente al equipo a la fase definitiva, pero que el equipo, aunque integrado por una nómina brillante tuvo una participación irregular en el hexagonal terminando último tras ganar solo dos partidos. El hizo el debut absoluto con el primer equipo el 29 de octubre contra el Sheffield Wednesday, donde anotó un gol en la derrota de su equipo por 2-1, convirtiéndose en el jugador más joven en marcar un gol de la historia del Wycombre Wanderers en Liga.