Dependiendo de la entidad financiera puede haber un mínimo más alto o bajo para crear una cuenta para invertir camisetas de baloncesto en el FCI. En respuesta, los dirigentes hicieron la liquidación final de la sociedad anónima; crearon una sociedad limitada con el mismo nombre que procedió a adquirir las acciones de la sociedad liquidada y, así, absorberla dentro de la nueva entidad (en una maniobra legal luego conocida como fusión impropia); nombraron como presidente al señor Rafael Uribe Restrepo; y reportaron a la DIMAYOR la nómina de jugadores contratados y listos para afrontar la nueva competición. De lo destacable, la regularidad de Balassanián que continuó haciendo goles, y el marcador de punta nacido en Sopetrán (Antioquia), Cristóbal Yotagrí, quien se destacó como uno de los mejores jugadores del campeonato. En aquel torneo de 1958, el Atlético Nacional / Independiente Nacional cumplió una buena presentación: ocupó el quinto lugar y durante gran parte del campeonato estuvo de segundo y peleando la punta.
El partido decisivo entre ambos se jugó en el estadio Pascual Guerrero faltando nueve fechas para la terminación del campeonato; fue victoria del local por 1-0 y a pesar del acoso del verde, el equipo caleño pudo conservar la punta. Durante 1962 y 1963, los resultados continuaron siendo negativos, aún a pesar de la contratación de extranjeros. Lo poco para rescatar, la contratación en 1962 del argentino Eduardo Balassanián, gran atacante que con sus goles brilló en un equipo opaco. El nuevo técnico era una contratación costosa, pero el equipo sólo respondió durante el torneo Apertura; a partir de agosto se derrumbó y terminó en el lote de retaguardia. Para 1899 el colegio era una de las escuelas más reputadas de la ciudad de Rosario, ya que no solo le enseñaban fútbol a sus alumnos, camiseta nba utah jazz sino que también se destacaban en la enseñanza musical contando con prestigiosos profesores de piano y violín. Este consistía en un recuadro con un círculo dentro y en este se podía observar a dos deportistas jugando al fútbol con la camiseta del club y su respectivo uniforme correspondiente a la época, en sus bordes figura Club Atlético Kimberley.
En este año Nacional se reforzaba en su nómina con varios jugadores como Vladimir Marín y el exgoleador del Once Caldas, Sergio Galván, entre otros. Para ello, hablaron con los liquidadores del equipo, Francisco Robles y Antonio Patiño Vinasco, con el fin de que este último, gracias a su relación con las directivas de la DIMAYOR, mantuviera los derechos de participación (o ficha) del Atlético Nacional y, así, que la natillera pudiera disputar el torneo profesional de fútbol. Por ende, el ente organizador del fútbol profesional colombiano exigió al conjunto verdolaga una solución a las irregularidades antes del inicio del torneo, so pena de ser desafiliados y reemplazados por el naciente conjunto Once Caldas de Manizales. En consecuencia, se firmó un contrato de arrendamiento entre los participantes de la natillera y los liquidadores del Atlético Nacional: los jugadores recibirían el dinero de las taquillas, de allí pagaban los gastos del alquiler del estadio y del arriendo a los liquidadores del equipo verdolaga y se repartían lo que quedaba. Complejo Deportivo “La Agustina”: Desde 1974 Instituto cuenta con el complejo social y deportivo denominado “La Agustina”, luego de que en 1973 la comisión directiva decidida comprar las 9 hectáreas ubicadas en el barrio Jorge Newbery de Córdoba, por 25 mil dólares (dinero que era parte de lo que había recibido el club por la venta de Mario Alberto Kempes).
Si el anterior ejercicio arrojaba pérdidas, en cambio, todos los jugadores del plantel aportaban de su propio dinero para cubrirlas. En mayo, el elenco verdolaga inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de «Independiente Nacional», denominación adoptada por los jugadores para declarar que no solo era un equipo compuesto únicamente de jugadores colombianos sino que estos actuaban de forma «independiente» al sistema vigente en el fútbol colombiano, en el que los equipos no tenían problema en garantizar la titularidad de los jugadores extranjeros en los partidos en detrimento de los futbolistas nacionales. Durante todo el campeonato el elenco verdolaga no sólo mantuvo su regularidad, sino que lo hacía exhibiendo un fútbol vistoso. Ante todos los otros rivales, el equipo verdolaga acumuló dos puntos más que el conjunto azucarero, pero ante su rival directo, Nacional sólo ganó uno de los cuatro partidos que disputaron a lo largo del año. Esta vez llegaron cuatro brasileños que no marcaron diferencia en la campaña verdolaga. Urriolabeitia mantuvo el doble cargo hasta mitad de año cuando se contrató al uruguayo Juan Eduardo Hohberg, quien también se desempeñaría como jugador y técnico a la vez. A finales de marzo de 1958, cuando ya era un hecho confirmado que el Independiente Medellín desaparecía una vez más, Nacional hacía una declaración similar en la que informaba de su liquidación y en la que sólo se le renovaría el contrato a cinco jugadores, dejando al resto en libertad de escoger donde jugar ese año.