En 1935 y 1937 el segundo tricampeonato lo obtuvo el Sport Boys del Callao (fundado en 1927 y participante desde 1933), camiseta roja atletico de madrid que derrotó a los otros cuatro equipos que estaban compitiendo. Tras un segundo puesto en su debut en primera división, la Federación Universitaria consiguió su primer título en 1929. Un dato relevante de esta etapa conducida por la FPF fue el primer tricampeonato de la historia del fútbol peruano, obtenido por el Club Alianza Lima al conquistar los títulos de 1931, 1932 y 1933. En 1934, Universitario de Deportes obtuvo su segundo título. Lima y la Provincia del Callao, los torneos dejaron atrás la etapa amateur iniciándose el fútbol profesional organizado por la Asociación Central de Fútbol (ACF). El partido terminó con victoria por 1-0 ante Dinamarca, con gol del guipuzcoano Patricio Arabolaza en el minuto 54′. En su debut en competición internacional, España regresó de la cita olímpica con la medalla de plata. Para definir el ganador, se disputó el partido definitivo en Caracas, venciendo los peruanos 1-0 con gol de Hugo Sotil. Más tarde, el 30 de mayo de ese mismo año, se funda la Federación Deportiva Nacional del Ecuador, conocida por su acrónimo Fedenador.
La Federación Ecuatoriana de Fútbol (FEF), más conocida por su acrónimo Ecuafútbol, es el organismo rector del fútbol en el Ecuador. Es la institución responsable de organizar y regular las distintas selecciones nacionales y los campeonatos oficiales masculinos y femeninos en todas las modalidades, incluidas las ramas de futsal y juveniles del deporte en ese país. Dicho organismo se plantea 5 puntos principales para garantizar el buen desarrollo del deporte: mejorar el fútbol desde su carácter universal, educativo y cultural, así como mejorar los valores humanos que plantea el mismo; organizar competiciones del deporte; elaborar un reglamento para mantener el espíritu del juego; controlar las distintas formas del fútbol, adoptando medidas para mejorar las mismas; e impedir ciertas prácticas que afecten la esencia del deporte. Sin embargo, la sanción fue levantada el 19 de diciembre del mismo año. Sin embargo, el fútbol femenino no fue reconocido oficialmente por la Real Federación Española de Fútbol hasta 1980, con la creación del Comité Nacional de Fútbol Femenino.
Antes de la creación del principal organismo oficial de fútbol en el país, existían dos administraciones de fútbol no oficial: la American Football Association (1884) y la American Amateur Football Association (1911). En el cual estaban integrados con equipos amateur, y del noreste de Estados Unidos. Aquel mismo año, después de lo acontecido, el Ecuador se afilia de forma oficial a la Fédération internationale de Football Association (FIFA) y el año siguiente, en 1927, a la Confederación Sudamericana de Fútbol (Conmebol). La Liga Aquea era una confederación en la que cada Estado o ciudad miembro era autónomo, pero todos los miembros participaban en el Consejo que se reunía dos veces al año para formular la política exterior común y para promulgar la legislación relativa a cuestiones económicas tales como la moneda. Un año después, en 1926, el Comité Olímpico Ecuatoriano organizó las Olimpíadas Nacionales en la ciudad de Riobamba, el cual introdujo al fútbol como disciplina, donde por primera vez se conformarían selecciones provinciales.
La Segunda Categoría de Ecuador es disputada por representantes de las veintidós asociaciones provinciales, que previamente se clasificaron a través de torneos locales. Esta categoría cuenta con pocos clubes profesionales y semiprofesionales, siendo en su gran mayoría, clubes amateurs de corta actividad deportiva. Ambas divisiones se denominan la Primera Categoría del Fútbol Ecuatoriano, siendo todos los participantes, clubes profesionales. Tiene como atribuciones: ejecutar las decisiones de la Asamblea y del Comité Ejecutivo, velar por el funcionamiento de los órganos internos, supervisar las relaciones con los miembros, la FIFA y la Conmebol, presidir la Asamblea y el Comité Ejecutivo, y hacer acuerdos. Según el presidente de la UEFA, Aleksander Čeferin, «la nueva competición hace que las competiciones de clubes de UEFA sean más inclusivas que nunca. Para un completo detalle véase Máximos goleadores de la Liga de Campeones de la UEFA. La creación de la FPF calmó los problemas existentes en el balompié peruano y tomó la posta a la Liga Peruana de FootBall (LPFB) en la conducción de los torneos de clubes, que a partir de 1926 se reiniciaron con la adición de los equipos de la Liga del Callao.