La aventura pasaba por inscribir al equipo en la Federación Interinsular de Fútbol de Las Palmas y competir en la liga insular de menor categoría. Entre abril y mayo del año 1989, debido a la nueva Ley de Reorganización Universitaria de Canarias, se fundó en Las Palmas una institución de carácter público fruto de la reivindicación social ejercida años atrás. Nadie lo hubiera pensado seriamente tres años atrás, pero ahí estaba el cuadro universitario con su tercer ascenso consecutivo. Se incorporan al cuadro universitario los guardametas Moisés Trujillo y Juan Garrido Canales; Alberto Hernández, José Luis Padrón, Óscar Celada, Pedro Vega, Jon Bakero, Óscar Bruzón y Joaquín Béjar Martínez, más conocido como Quini, delantero goleador de 32 años procedente del C.D. Jugaron aquel histórico partido: Guillermo; Carlos (Lucas Pérez lo sustituyó en el minuto 78), Óscar Pérez, Óscar González, Luiso Saavedra, Francis Hernández, Cruz Pérez, José León (Antonio entró en el minuto 52), Javier Hernández, Javier Campos (Alfredo lo sustituyó en el minuto 35) y Francis Santana.
En su primer partido igualó 0-0 con Ecuador, en el segundo jugó contra Brasil y logró agónicamente un 2-2 en el último minuto consiguiendo su segundo empate. Se hace cargo de la dirección técnica Álvaro Pérez, mientras que Julio Suárez continúa de segundo entrenador. La plantilla se reforzó con Francis Hernández, Eduardo Ramos, Guillermo Castro, Marcos Cruz Pérez, Santi Segura y Óscar Pérez. También entraron esta temporada en el equipo: Santi Lampón, Ismael Santana, Sergio Hernández, Dani Olsson, Yeray Ortega y Borja García. En su historial deportivo, militó una temporada en Segunda División, doce en Segunda B, una en Tercera y tres en Regionales. Ello se debe a que, tras la Guerra Civil (1936-1939), el Levante FC se encontró con buena parte de su plantilla pero sin un campo en el que jugar, ya que su antiguo recinto deportivo, situado en el Camino Hondo del Grao, pasó a ser utilizado por la OJE.
Se convirtió en el primer equipo universitario español que llegó a jugar en el fútbol profesional, además de ser también el único en la historia del fútbol español que ha conseguido llegar a Segunda División desde la categoría regional más baja en tan solo seis años, récord que aún ostenta. También cuenta con la categoría Sub-19, campeona en dos ocasiones y una vez subcampeona del Europeo Sub-19, y con una sección femenina, la cual fue campeona de la Eurocopa en tres ocasiones. El recinto dedicado a la sección se encontraban en lo que ahora es el centro comercial «La Esquina del Bernabéu», colindante al Estadio Santiago Bernabéu, y antiguamente denominado como Campo de deportes del Real Madrid Club de Fútbol donde el club albergaba diferentes instalaciones para sus múltiples secciones deportivas. Por esta razón, nada más alcanzar el ascenso, la directiva universitaria buscó la posibilidad de jugar en el Estadio Insular (único recinto de Las Palmas de Gran Canaria que reunía las condiciones para la práctica del fútbol profesional). La calidad técnica estaba asegurada en un equipo donde figuraban exfutbolistas profesionales y otros que recién acababan de colgar las botas como jugadores de equipos locales. Los colores que identificaban al club eran el azul marino y el naranja ocre.
Los jugadores comenzaron a lucir la siguiente indumentaria: camiseta, pantalón y medias azul marinas con ribetes amarillos en el costado, cuello de las camisetas y pantalones, así como en la vuelta de las medias. U. D. Las Palmas. El Universidad de Las Palmas C.F. El resultado fue que, esa primera temporada en competición oficial, el Vegueta Universidad CF se proclamaría campeón del grupo sur en 2° Regional y ascendería a la 1° Categoría Insular. Toledo que llegó al equipo en mayo de 2000. El Universidad finaliza campeón de su grupo y juega la liguilla de ascenso de categoría que también la gana. El Universidad solo perdió 4 encuentros de liga esa temporada. Al finalizar la temporada se consiguió un nuevo ascenso, el segundo consecutivo, esta vez a la Categoría Preferente. La siguiente temporada el equipo continuaba con un rendimiento regular y tras la jornada 10 donde el Bayern fue derrotado 5:1 por el Eintracht Fráncfort, Kovač fue despedido, asumiendo el cargo como interino Hans-Dieter Flick. Sin embargo, el consejo de administración de la U. D. Las Palmas se negó a compartir el terreno de juego, por lo que la directiva universitaria barajó varias posibilidades, como la de poner césped natural al terreno del Campus Universitario de Tafira.
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