En la jornada 34 el Granada cae derrotado ante el Espanyol por (1-2) en el Estadio Nuevo Los Cármenes en un partido donde el equipo catalán marcó por mediación de Paco Montañés el gol que les daría la victoria en el minuto 85. Tras esta derrota el Granada continúa penúltimo solo por delante de un Córdoba CF con el descenso prácticamente certificado. Tras la marcha de Hernán Pérez, Dani Mori se hacía cargo del equipo. Entre los nuevos fichajes destacan varios jugadores procedentes del Atlético Sanluqueño, que la temporada anterior habían logrado el ascenso. Pedro Emanuel confió en los primeros compases de la temporada en muchos jugadores que eran la base de la plantilla en la anterior temporada. A pesar de contar actualmente con pequeños grupos de aficionados y simpatizantes repartidos por todo el mundo, la base de la afición del Eibar sigue concentrándose en la ciudad de Éibar. En un intento de romper con el pasado y con Media Base Sports, a raíz de la catastrófica temporada que acarreó el descenso, el club despide al hasta entonces director general del club Sergi Vieta, siendo nombrado Antonio Fernández Monterrubio en ese puesto. En las cinco primeras jornadas no vio la derrota, fruto de su buena defensa, con Víctor Díaz y Germán Sánchez siendo los centrales titulares en las cuatro primeras jornadas, y con Quini jugando de lateral derecho, y a partir de la quinta jornada con José Antonio Martínez ocupando el puesto de central junto al gaditano, y con Víctor Díaz tirado a la banda.
Finalmente cae derrotado contra el filial del Real Valladolid lo que le impide clasificarse a las eliminatorias de ascenso (un empate si le hubiera clasificado). El 3 de agosto de 2020 se firmó el acuerdo de colaboración que tendrá una duración de 3 años con el Club Baloncesto Ciudad de Valladolid. La tipografía empleada es la Vitor, la más emblemática de la ciudad por su relación con la Universidad de Salamanca. En la segunda vuelta el Granada hace de su estadio un fortín venciendo a la Unión Deportiva Las Palmas, al Real Betis Balompié y al Deportivo Alavés en los tres primeros partidos en casa de la segunda vuelta. También cambia el director de Fútbol Formativo del Granada CF, siendo nombrado Luis Fradua, exdirector de cantera del Real Betis Balompié, en sustitución de Rufo Collado. Sin embargo, la derrota del Granada en la jornada 37 frente al Real Betis Balompié, unida con la victoria del Mallorca frente al Rayo Vallecano, hizo que el club nazarí se jugara la permanencia en la última jornada, donde finalmente el Granada descendería a Segunda División, tras el empate a cero del club nazarí ante el R. C. D. Espanyol, y las victorias del Cádiz C. F. frente al Deportivo Alavés y del R. C. D. Mallorca frente a C. A. Osasuna.
En la siguiente jornada empató ante el Málaga CF (0-0) y en la jornada 33 perdió ante el Club Atlético de Madrid. En la jornada 28 el Granada empató (0-0) ante la SD Eibar en un partido controlado por el Granada pero sin demasiado peligro ofensivo. Sin embargo cabe decir que el Eibar no es el club que suele tener audiencias televisivas más bajas, ya que durante la temporada 2015-16 tres equipos de Primera tuvieron cuotas de audiencia televisiva más bajas que las de la SD Eibar. El Granada acabó la primera vuelta con una derrota ante el Real Club Deportivo Español por (3-1), lo que le dejaba en una situación muy complicada en la tabla, penúltimo y con 10 puntos. Antes de la jornada 16 el Granada jugó la vuelta de los dieciseisavos de la Copa del Rey ante el Córdoba CF con un empate en El Arcángel (1-1), mientras que la ida en Los Cármenes acabó con 1-0 para el Granada, así el Granada avanzó a octavos de final donde se enfrentaría al Sevilla. Posteriormente, una victoria en el estadio del Real Jaén por 1-2 hizo que el conjunto departamental se lo jugara todo ante La Roda CF, situada con los mismos puntos, 42. El encuentro ante el conjunto manchego finalizó con el resultado de 1-1 y, por consiguiente, el club se vio abocado a disputar promoción de descenso, en la que se enfrentaría ante la UD Las Palmas Atlético.
En la siguiente jornada el Granada caería derrotado por 2-1 ante el RCD Español y en la jornada 16 empata a 1 contra el Getafe CF. En la jornada 22, el Granada cae por (2-0) ante el Villarreal CF con goles de Mateo Musacchio y Gerard Moreno. Tras esta jornada se disputó la ida de los octavos de final de la Copa del Rey ante el Sevilla FC donde el Granada perdió (1-2) en el Estadio Nuevo Los Cármenes con goles de Gerard Deulofeu y Kevin Gameiro por parte sevillista y del debutante Lass Bangoura para el Granada, que llegó procedente del Rayo Vallecano en el mercado de invierno. La crisis económica que padeció todo el país hizo imposible dicha construcción, además del descenso del Granada a Segunda División en 2017. Posteriormente el estadio contó con 22 094 asientos, ya que la parte baja de todas las gradas supletorias fueron desinstaladas por motivos de seguridad y evacuación del estadio.
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